微波真空干燥機工作制造過程中必不可少的環節，便是微波真空干燥機的零部件清潔，但這是非常講究的，需要根據零件的幾何形狀以及臟污程度，而使用不同的清潔方式，雖然零部件得清潔方式選擇，并不影響機器接下來的干燥工作過程。第一種快速有效的方式是真空干燥，這是微波真空干燥設備零件干燥環節的一種，還有就是用微波真空干燥設備零件自身的加熱清洗的對流干燥、循環利用熱空氣進行空氣干燥。
微波真空干燥設備零部件通常在加工或打磨工作之后，或熱處理后進行清洗。清洗方法基本上可分為兩類：水溶液清洗和溶劑清洗。當然也有一些特殊的過程。最終選擇的清洗方法取決于多種因素。最合適的清洗方法必須根據微波真空干燥設備零件的材料，污垢的類型（不同類型的油、油脂、乳液、灰塵等）或部件的幾何形狀（表面結構、孔、咬邊等）進行選擇。
對清潔后的微波真空干燥設備零部件進行隨后的干燥是必不可少的。因為在水性介質的情況下，即使最小的殘余水分也會對微波真空干燥設備造成腐蝕損壞，從而導致高昂的后續費用。未干燥的溶劑可導致工件被分解。對流干燥是最簡單的干燥方法。組件在清洗過程中被加熱到70至80℃之間，使附著的水分蒸發。
這兩種方法都適用于幾何形狀簡單的微波真空干燥設備零部件，有效可靠的是真空干燥，可以讓復雜的零部件快速干燥，并且對于涉及水溶液和溶劑的清洗微波真空干燥設備零部件方法均可使用，循環空氣干燥是熱空氣在微波真空干燥設備零部件上方流動，致使水分蒸發。
